Anhel
Именно велосипедный чехол не обязателен, главное - чтобы велосипед был разобран (то есть по-хорошему снято переднее колесо и свёрнут руль) и был упакован (хоть обёрнут целлофаном, хоть в сумке - без разницы).
Altair
К сожалению, такие случаи бывают в любых подобных ситуациях, не только на ж/д, здесь важно знать свои права и знать, к кому обращаться в случае чего. В этом случае - искать начальника поездной бригады