Проблемы могут быть связаны с тем, что транзитная литовская виза для поездок в Калининград - она сама по себе кастрированная. Правда, я не знаю конкретно, что по ней позволяется, а что нет. Но на станции Вильнюс прямо на перроне есть таможенный терминал - так вот, если вы сумеете выйти за его пределы, то первое дело сделано.
Второй вопрос - не отправит ли вас проводник вон на обратном пути, увидев, что у вас билет не от точки отправления. Экономия очевидна всем, так что я не удивлюсь, если с ней идет какая-то борьба. В этом случае снова вопрос в терминале: если сможете пройти его в обратном направлении, то и второе дело сделано, потому что вам поставят штампик о выезде и, соответственно, обратной дороги ни у кого из присутствующих не будет :)