Да, тройка сама активирует режим 90 минут, когда это позволяет сэкономить. Порядок метро и наземки - не важен. Регулярно этим пользуюсь.
Баланс выдаетсч при проходе через турникет как в метро, так и в наземке. Еще в вестибюлях метро можно посмотреть баланс приложив к желтому терминалу, специально для этого предназначенному (экран в желтой металлической рамке на уровне метров полутора от пола), либо засунув в автомат для пополнени (большая бандура)