Михаил, насколько я помню одно из концептуальных положений правил БГ - "особых условий для участников не создаётся". Случайные и непредвиденные отклонения общественного транспорта от маршрута - естественное явление и под "особые условия" не попадает. Т.е. с одной стороны, пользование таким транспортом не должно считаться нарушением (естественность), с другой стороны, не должно как-то влиять на формулировки в правилах (случайность). Наказуемо согласно тому же принципу должно быть отклонение транспорта от маршрута по инициативе участника, а также выход из него в неположенном месте тоже по инициативе участника. То, что все водители и пассажиры так делают, не аргумент, ибо остановка в произвольном месте есть нарушение ПДД, а правила обязывают их соблюдать.
Правда и тут, как говорит Дима, нельзя доходить до дебилизма. Вот мы на Побегах-Петергоф настойчиво пытались найти легальную остановку маршруток, идущих из Ломоносова в Мартышкино по пр. Федюнинского, но так и не нашли. Оказалось, остановки там просто не оборудованы, и сесть можно было в любом месте.