Вопрос не в том, что я рассматриваю, а в том, что верно.
Если бы была описанная вами ситуация, то был бы длинный холивар на тему того, что такое длина слова.
Мне вот так навскидку кажется, что "напишите самое длинное существительное" = "выберите самую длинную словоформу и запишите соответствующее ей слово". При этом ответы "асимметричность" и "асимметричностью" были бы правильными, а "экотоксикологи(и\я)" - нет.
Но решаю не я, решает ГСС.
По поводу "экотоксикология" такой холивар состоялся и ГСС, я так понял, прочитав приведенные мнения и ссылки, вынес решение, что это одно слово.