Если уж сильно заморочиться... то то, что нарисовано на картинке, действительно не является атомом бериллия. Но, так как никто до сих пор не знает, как на самом деле выглядит атом, то, при определенном уровне абстракции, можно сказать, что четыре маленьких шарика, находящиеся вокруг большого и есть атом бериллия.
Такие вот взаимоисключающие параграфы, но в физике это нормально.
И, если здесь начинать спор о представлении атома, то он не приведет никуда, потому что есть точка зрения, что электрон вообще находится в суперпозиции везде вокруг атома и представляет собой волну, а материализуется лишь при появлении наблюдателя и то, определить его местоположение в движении можно лишь с какой-то вероятностью. Вот и попробуйте нарисовать это.
