Название означает, что у нее не глинистое дно. Не глинистое - это не значит, что вокруг вообще глины нет, значит, что ее меньше, чем обычно. Вы ведь "невысокий" не трактуете как "высоты 0"? :)
Ну и вообще, это несколько разумнее выглядит, чем cool story о московских черноземах, которые подтверждаются только записями в блогах "Ну ясен фиг - раз Черногрязка, значит от чернозема" без указания источников.