Лучше самим: туроператоры ничего готового по такому запросу не предложат, а значит, это будут те же букинги и викинги, но с накруткой турагента.
Если делать упор именно на катание на корабликах, то, думаю, оптимальным будет маршрут, начинающийся в Санкт-Петербурге на пароме ST.PETER LINE, далее из Хельсинки в Таллин, из Таллина в Стокгольм, из Стокгольма в Ригу - и домой.
Если рассматривать альтернативу, оптимальным будет маршрут СПб - Хельсинки - Стокгольм - Рига и возврат через Таллин и СПб. Если обязателен Вильнюс, то, соответственно, последний отрезок будет Стокгольм - Таллин и далее Рига и Вильнюс (плюс, например, Каунас).
В этот вариант можно еще красиво положить заход в Мариехамн и посещение Турку.
В любой из вариантов можно добавить разнообразные паромные извращения, вроде всяких Палдиски, Нюнесхамнов и Венспилсов, но здесь к паромной транспортной составляющей добавится также нехилая наземная, удовольствие от продумывания и реализации которой может быть не слишком уж большим.
Везде можно исключить Санкт-Петербург (ну какая он балтийская столица, верно?) и начинать с поезда "Лев Толстой".
Ресурсы для подбора вариантов: ST.PETER LINE, Tallink, Viking Line, Eckerö Line. Booking.com.