Разрешается.
7.3 В случае, если порядок передвижения в какой-либо категории предусматривает использование общественного транспорта, под общественным транспортом понимается пассажирский транспорт, курсирующий по определенному маршруту и осуществляющий перевозки граждан на общих основаниях: автобусы, троллейбусы, трамваи, маршрутные такси, пригородные электропоезда, метрополитен, фуникулеры, речные трамваи и т.п. Программой соревнований могут налагаться ограничения на использование конкретных видов общественного транспорта.
Насколько я понимаю, микроавтобусы "Мосгортранса" - это как раз маршрутки.
В этих категориях (ангел, атлант и сфинкс) запрещается пользоваться коммерческим транспортом - такси, личным транспортом и транспортом "невестьоткудавзявшимся" (дядя Вася на тракторе).